Příběh začíná tím, že Ben obdržel vodítko ve formě vintage medailie s kryptickou zprávou. To ho vede na dobrodružstvím a klusách v celé Evropě, kde musí dešifrovat historické artefakty a najít klíč ke skrytému trezoru zednářů.
Po cestě se připojil jeho partner Riley Poole a jeho otec Patrick Gates, který se neochotně zapojí do pátrání. Čelí neustálé opozici od Iana Howe, konkurenčního lovce pokladů, který hledá stejnou cenu, a mazanou a záhadnou ženu jménem Abigail, která tvrdí, že má své vlastní důvody pro hledání pokladu.
Cesta je zavede na místa, jako je Londýn, Paříž a Velká čínská zeď, protože rozpadly stopy ukryté v historických dokumentech a orientačních bodech. Film má vzrušující vyvrcholení, kde Ben musí závodit proti času, aby našel poklad a vyčistil jméno svého otce.
Nakonec „Národní poklad:Book of Secrets“ je zábavné, akční dobrodružství, které mísí historické intriky s humorem a srdcem. Pokračuje v dědictví prvního filmu a nabízí podmanivé tajemství, které diváky udržuje do samého konce.