Lepší způsob, jak vyčistit flétnu, je použít měkký, suchý hadřík k odstranění nečistot a prachu. Pokud se uvnitř flétny nahromadí vlhkost, můžete k vysušení vnitřku nástroje použít speciální čisticí tyčinku s připevněnou měkkou látkou. Je také dobré nechat flétnu pravidelně čistit a opravovat profesionálním technikem na flétnu, aby bylo zajištěno, že zůstane v dobrém stavu.