1. Alice probuzení :Hotaru je uživatel se speciálními schopnostmi, známý také jako Alice, se vzácnou Sensory Link Alice. Její Alice jí umožňuje odhalit a spojit se s myslí ostatních. Probouzí svou Alici v mladém věku.
2. Zatčení a uvěznění :Kvůli potenciálnímu nebezpečí a nepředvídatelnosti její Alice je Hotaru jako malé dítě zajata skupinou zvanou "Zero". Je uvězněna ve speciálním výzkumném zařízení, kde se na její Alici provádějí experimenty.
3. Rescue by Natsume :Hotaru nakonec zachrání Natsume Hyuga, student z týmu speciálních schopností (SAT) Alice Academy, který rozpozná její potenciál a chce jí pomoci ovládnout její Alici.
4. Přihlášení do Alice Academy :Hotaru se úspěšně zapíše do Alice Academy, kde nastoupí do třídy B. Navzdory své těžké minulosti se začíná spřátelit a nacházet místo, kam patří.
5. Zkoumání potenciálu její Alice :Jak Hotaruin čas na akademii postupuje, postupně získává lepší kontrolu nad svým Sensory Link Alice. Zjistí, že dokáže myšlenky nejen detekovat, ale do jisté míry s nimi i manipulovat.
6. Řešení vnitřních konfliktů :Hotaru bojuje se svými vnitřními démony a pocity izolace kvůli své mocné a jedinečné Alici. Prochází osobním růstem a sebeobjevováním, když se učí přijímat a přijímat sama sebe takovou, jaká je.
7. Zájem o lásku :Hotaru rozvíjí romantické city k Yuuto Kibovi, dalšímu členovi SAT. Jejich vztah čelí výzvám a komplikacím kvůli jejich příslušným schopnostem Alice a zapojení do různých misí a konfliktů.
8. Příspěvky do SAT :Jak se Hotaru zdokonaluje ve své Sensory Link Alice, hraje stále důležitější roli v SAT misích a vyšetřováních. Její schopnosti jsou neocenitelné při shromažďování inteligence a pochopení záměrů protivníků.
9. Zapojení do klíčových příběhových oblouků :Hotaru je přímo zapojen do několika významných příběhových oblouků v celé sérii. Tyto oblouky se často točí kolem mocných schopností Alice, tajných organizací a hrozeb pro Akademii Alice a celý svět.
10. Osud a konec :Konečný osud Hotaru závisí na konkrétní verzi nebo cestě příběhu Alice Academy. V některých koncích úspěšně překonává své výzvy, nachází štěstí se svými přáteli a blízkými a nadále roste jako uživatelka Alice.