Clarke v knize tvrdí, že Bushova administrativa ignorovala varování zpravodajských agentur o hrozbě terorismu a že tato nedbalost přispěla k útokům z 11. září. Kritizuje také reakci administrativy na útoky a tvrdí, že války v Afghánistánu a Iráku snížily bezpečnost Spojených států.
Shady Aftermath byl některými chválen za svůj zasvěcený pohled na útoky z 11. září a za kritiku Bushovy administrativy, jak nakládá s terorismem. Někteří ji však kritizovali za negativní zobrazení Bushovy administrativy a za nedostatek konkrétních důkazů na podporu některých jejích tvrzení.