Jedním z nejzřetelnějších rysů hry, který vyvolává otázky o náboženské toleranci, je zobrazení Shylocka, židovského lichváře. Shylock je líčen jako krutý a chamtivý muž, který je posedlý penězi a snaží se pomstít Antoniovi, křesťanskému obchodníkovi, který mu ukřivdil. Ztělesňuje mnoho negativních stereotypů, které převládaly o Židech v Shakespearově době, a jeho postava byla často interpretována jako antisemitská.
Na druhou stranu jsou ve hře momenty, které tyto stereotypy zpochybňují a myšlenku náboženských předsudků problematizují. Například sám Antonio bojuje se svými předsudky vůči Židům a jeho zacházení se Shylockem ukazuje směs opovržení a sympatií. Portia, hrdinka hry, argumentuje důležitostí milosrdenství a odpuštění a nakonec přesvědčí Shylocka, aby Antoniovi projevil milost. Tuto scénu četlo mnoho kritiků jako výzvu k toleranci a porozumění.
Další pohled na postoj hry k náboženské toleranci je ten, že jednoduše odráží sociální a kulturní realitu Shakespearovy doby. Antisemitismus byl hluboce zakořeněn v křesťanské společnosti Evropy a pro Shakespeara by bylo obtížné prezentovat tolerantnější pohled, aniž by riskoval cenzuru nebo si odcizil své publikum. Tak, hra mohla být viděna jako produkt jeho doby spíše než odraz Shakespearova vlastního přesvědčení.
Celkově je Kupec benátský komplexní a nuancovaná hra, která nabízí různé pohledy na náboženskou toleranci a předsudky. I když obsahuje některé antisemitské prvky, představuje také momenty soucitu a porozumění, které nám komplikují čtení poselství hry. Nakonec hra vyzývá diváky, aby zvážili složitost náboženských rozdílů a kriticky prozkoumali své vlastní předsudky.