Jednou z nejpozoruhodnějších věcí na Holbeinově díle je jeho použití symboliky a alegorie. Často používal předměty a postavy k reprezentaci abstraktních pojmů nebo myšlenek a jeho obrazy jsou plné skrytých významů a odkazů. Například ve svém obraze „The Ambassadors“ (1533) zahrnuje řadu symbolů, které odkazují na politické a náboženské napětí té doby. Lebka v popředí je například připomínkou pomíjivosti života a loutna a hudební knihy představují harmonii vesmíru.
Holbein byl také mistrem satiry a jeho dílo je často plné vtipných a kritických postřehů společnosti. Ve svém obraze „Tanec smrti“ (1526-27) například zobrazuje Smrt, která vede procesí lidí ze všech společenských vrstev, od králů a papežů po rolníky a žebráky. Obraz je připomínkou toho, že smrt je nevyhnutelná a nikdo z ní není osvobozen, bez ohledu na sociální postavení nebo bohatství.
Holbeinova práce poskytuje cenný pohled do světa severní renesance. Jeho obrazy odrážejí společenské, politické a náboženské změny doby a nabízejí jedinečný pohled na lidi a události té doby.