Brunův otec je povýšen na velitele Osvětimi a rodina se stěhuje do koncentračního tábora. Bruno je zmatený a rozrušený změnami v jeho životě. Nechápe, proč musí opustit své přátele a domov, a nechápe, co se děje s lidmi v koncentračním táboře.
Bruno se setkává se Shmuelem.
Jednoho dne Bruno prozkoumává areál koncentračního tábora, když na druhé straně plotu spatří mladého chlapce. Chlapec má na sobě pruhované pyžamo a vypadá velmi smutně. Bruno začne mluvit s chlapcem a stanou se přáteli. Shmuel vypráví Brunovi o svém životě v koncentračním táboře a Bruno začíná chápat hrůzy toho, co se děje.
Bruno se vplíží do koncentračního tábora.
Jednoho dne se Bruno rozhodne vplížit se do koncentračního tábora, aby navštívil Shmuela. Obléká si pruhované pyžamo a proplíží se plotem. Bruno najde Shmuela a stráví spolu den. Hrají hry, povídají si a smějí se. Bruno si uvědomuje, že i v nejtemnějších časech stále existuje naděje.
Bruno a Shmuel jsou zabiti.
Další den jsou Bruno a Shmuel dopadeni nacisty. Jsou převezeni do místnosti a podána smrtící injekce. Bruno a Shmuel zemřou společně a jejich těla jsou spálena v krematoriu.
Chlapec v pruhovaném pyžamu je silný a dojemný příběh o holocaustu. Je to příběh o přátelství, nevinnosti a síle naděje.