Narodil se v Davao City, Davao, Filipínské ostrovy a byl ženatý s Mercedes Cacho. Byl otcem bývalé starostky města Davao Sary Duterte, dcery viceprezidenta Inday Sara Duterte-Carpio a bývalého kongresmana 3. okresu Davao Paola „Pulong“ Duterteho.
Alvarez, veterán politiky v Davao City, poprvé vstoupil do politiky v roce 1965, kdy byl zvolen vicestarostou města. Jeho dvouleté funkční období starosty bylo poznamenáno kampaní proti muslimským rebelům v této oblasti a agresivním programem hospodářského rozvoje. Podporoval také prezidentství Ferdinanda Marcose.
Během stanného práva byl Alvarez v roce 1978 zvolen zástupcem 3. okresu Davao. V letech 1980 a 1984 byl znovu zvolen. Byl nedílnou součástí Marcosovy mašinérie a spojencem zesnulého prezidenta.
Když byl Marcos svržen v People Power Revolution v roce 1986, Alvarez změnil strany a připojil se k vládě prezidenta Corazona Aquina. Následně byl jmenován ministrem národní obrany.
V roce 1987 byl jmenován správcem filipínského kokosového úřadu. Sloužil až do roku 1990.