Příběh hry se točí kolem "Eggman Empire," skupina robotů a monster ovládaná doktorem Eggmanem. Toto impérium se skládá z různých „Eggmanových přisluhovačů“, z nichž každý má jedinečné schopnosti a vzhled.
Zatímco někteří z těchto přisluhovačů, jako "Egg Pawn" a "Egg Hornet," jsou známé, jiné jsou tajemnější. Mezi ty, které se nejčastěji označují jako „tajemné příšery“ patří:
* "Egg Cerberus": Tříhlavý psí robot se silnou vrtačkou.
* "Egg Golem": Masivní, pomalu se pohybující robot s velkým kladivem.
* "Vaječný král": Obří robot podobný trůnu s výkonnými lasery.
Toto je jen několik příkladů a v průběhu hry se objevuje mnoho dalších jedinečných a nepojmenovaných robotů a monster, což přispívá k tajemnosti a intrikám.
Takže i když zde není jediné „tajemné monstrum“, kolektivní přítomnost těchto jedinečných a fascinujících postav přispívá k podmanivé a tajemné atmosféře Sonic Heroes.