1. Útok mozkomorů: Kniha začíná tím, že Harry je napaden mozkomory, když je na cestě do domu jeho mudlovského bratrance Dudleyho. K boji s mozkomory používá kouzlo Patronus, ale jeho nezákonné použití magie mimo Bradavice vede k jeho vyloučení.
2. Fénixův řád: Sirius Black, Harryho kmotr, ho informuje, že Ministerstvo kouzel se snaží potlačit zprávy o Voldemortově návratu. Aby s tím Brumbál bojoval, vytvořil Fénixův řád, tajnou organizaci oddanou boji proti Voldemortovi a jeho stoupencům.
3. Propaganda ministerstva: Ministerstvo zdiskredituje Harryho popis Voldemortova návratu a označí ho za lháře a hledače pozornosti. The Daily Prophet, kouzelnické noviny, publikují negativní články o Harrym, což dále poškozuje jeho pověst.
4. Obrana proti černé magii: Dolores Umbridgeová, vysoká úřednice z ministerstva, je jmenována novou profesorkou Obrany proti černé magii v Bradavicích. Odmítá učit studenty praktická obranná kouzla s tím, že teoretické znalosti jsou dostatečné.
5. Studentská vzpoura: Frustrovaní Umbridgeovými metodami a neochotou ministerstva přijmout pravdu o Voldemortovi, Harry, Hermiona Grangerová a Ron Weasley zakládají podzemní studentskou organizaci s názvem Brumbálova armáda. Scházejí se tajně, aby se naučili správnou obranu proti černé magii.
6. Odhalené proroctví: Harry se z proroctví skrytého na ministerstvu záhad dozví, že buď on nebo Voldemort musí zabít toho druhého, aby přežili. Jejich osudy jsou nerozlučně spjaty.
7. Bitva na ministerstvu záhad: Voldemort láká Harryho a jeho přátele na Oddělení záhad a hledá proroctví, o kterém věří, že mu zaručí nesmrtelnost. Mezi Brumbálovou armádou a Smrtijedy, Voldemortovými stoupenci, dojde k napínavé bitvě. Sirius Black během konfliktu zemře, čímž Harryho zničí.
8. Odhalená pravda: Harry je zproštěn viny poté, co je Ministerstvo kouzel svědkem Voldemortova návratu. Brumbál potvrzuje, že se Voldemort pokusil posednout Harryho jako dítě, ale nepodařilo se mu to.
9. Aftermath a cliffhanger: Kniha končí, když je kouzelnický svět v nejvyšší pohotovosti s vědomím, že významná bitva proti Voldemortovi a jeho silám je nevyhnutelná.
„Harry Potter a Fénixův řád“ zkoumá témata přátelství, odvahy a důležitosti boje za to, co je správné, uprostřed vrcholné bitvy, která mění průběh série.