Arsenal Gear je masivní ponorka vyzbrojená jadernými zbraněmi. Ovládá ji Solidus Snake, vůdce teroristické organizace Sons of Liberty. Raiden, hráčská postava, musí infiltrovat Arsenal Gear a zabránit Solidusovi v používání jaderných zbraní.
Bitva se Solidusem je napínavý a náročný boj. Solidus je mocný protivník a k poražení Raidena používá různé zbraně a techniky. Raiden musí použít všechny své dovednosti a schopnosti, aby porazil Soliduse a zachránil svět.
Zničení Arsenal Gear a závěrečná bitva se Solidus Snake je nezapomenutelným okamžikem, protože jde o zlom ve hře. Je to bod, ve kterém Raiden konečně porazí své nepřátele a zachrání svět. Je to také okamžik velké katarze, když se Raiden konečně pomstí za smrt svých rodičů.