* Nevinnost a nevědomost: Brunova naivita je ústředním prvkem románu. Nechápe skutečnou povahu koncentračního tábora ani nebezpečí, které představuje. Tato nevinnost zdůrazňuje ostrý kontrast mezi Brunovým světem a realitou holocaustu.
* Přátelství a spojení: Brunovo přátelství se Shmuelem, chlapcem na druhé straně plotu, překonává bariéry předsudků a strachu. Jejich vztah ukazuje sílu lidského spojení tváří v tvář nepřízni osudu.
* Nebezpečí slepé poslušnosti: Brunův otec, vysoký nacistický důstojník, představuje nebezpečí nezpochybnitelné poslušnosti autoritě. Je spoluviníkem na hrůzách holocaustu, i když si plně neuvědomuje jejich rozsah.
* Povaha předsudků a diskriminace: Román odhaluje zničující důsledky předsudků a diskriminace. Brunův počáteční strach z „lidí v pruhovaných pyžamech“ pramení z propagandy a dezinformací, kterým byl vystaven.
* Síla empatie a soucitu: Přes svůj počáteční strach a nevědomost si Bruno vyvine empatii pro Shmuela a ostatní vězně. Tato empatie zpochybňuje dehumanizující ideologie nacistického režimu.
* Ztráta dětství: Brunova ztráta nevinnosti a trauma, které zažívá, představují ztrátu dětství, kterou během holocaustu utrpělo nespočet dětí.
* Dopad holocaustu na rodiny: Román zdůrazňuje ničivý dopad holocaustu na rodiny, židovské i nežidovské. Brunovu rodinu roztrhá válka a Shmuelovu rodinu zničí nacistický režim.
„Chlapec v pruhovaném pyžamu“ využívá Brunovu nevinnou perspektivu k odhalení temné reality holocaustu a nastolení důležitých otázek o lidské povaze, předsudcích a síle empatie a soucitu.