Čajkovskij zemřel 6. listopadu 1893 (25. října podle starého ruského juliánského kalendáře) na choleru, která tehdy byla vážným problémem veřejného zdraví a mohla se rychle šířit, pokud by se infikovaná voda konzumovala nevědomky. I když se to dnes může mnohým zdát „neobvyklé“, propuknutí cholery nebylo v té době nijak zvlášť neobvyklé.
V té době v okolí Petrohradu (dnešní Leningrad v Rusku), kde pobýval Čajkovskij, vypukla cholera. Bohužel se nakazil bakterií, která během několika dní vážně ovlivnila jeho zdraví a nakonec přispěla k jeho smrti.
Aby se později předešlo spekulacím a sporům, diagnóza od lékařů uváděla pravděpodobnou infekci z kontaminované vody nebo nepřevařeného jídla, které mohl Čajkovskij neúmyslně zkonzumovat. Neexistují žádné neobvyklé teorie o jeho skonu kromě jeho nemoci vedoucí k smrti.