* Nebezpečí posuzování podle vzhledu: Příběh zdůrazňuje, jak snadno se můžeme nechat zmást prvotními dojmy. Čtenář stejně jako policie zpočátku podezřívá nevinného Charlese McCarthyho podle drsného vzhledu a toho, že se pohádal s otcem.
* Význam hledání pravdy a spravedlnosti: Příběh zdůrazňuje potřebu dívat se za povrchní soudy a ponořit se do pravdy, bez ohledu na to, jak nepříjemné nebo nepohodlné to může být. Holmesovo metodické vyšetřování odhaluje skutečného viníka a ukazuje, že spravedlnosti nelze dosáhnout pomocí domněnek.
* Důsledky chamtivosti a sobectví: Příběh ukazuje, jak může nekontrolovaná chamtivost a sobectví vést k ničivým následkům. Vražda vedená touhou po dědictví podtrhuje destruktivní sílu hrabivosti.
* Křehkost lidských vztahů: Příběh zkoumá složité a často napjaté vztahy mezi otci a syny. Napětí mezi Charlesem a jeho otcem, které vyvrcholí tragédií, ukazuje zranitelnost rodinných pout.
* Význam kritického myšlení a pozorování: Holmesův úspěch při řešení záhady spočívá v jeho schopnosti pečlivě sledovat detaily a analyzovat důkazy. Povzbuzuje čtenáře, aby přemýšlel kriticky a nepřijímal zdání za nominální hodnotu.
Záhada Boscombe Valley nakonec slouží jako připomínka toho, že zdání může klamat a že skutečná spravedlnost vyžaduje pečlivé vyšetřování a ochotu zpochybňovat domněnky. Zdůrazňuje důležitost hledání pravdy a spravedlnosti, i když je to nepříjemné, a důsledky toho, že dovolíme chamtivosti a sobectví zatemnit náš úsudek.