Zmizení Nagata Yuki-chan se odehrává v alternativní realitě, kde je Yuki Nagato jediným členem brigády SOS. Ostatní členové klubu, včetně Haruhi Suzumiya, Mikuru Asahina a Itsuki Koizumi, všichni zmizeli. Yuki je odhodlaná zjistit, co se stalo jejím přátelům, a přivést je zpět.
Seriál je vyprávěn z Yukiiny perspektivy a zkoumá její myšlenky a pocity, když vyšetřuje zmizení. Zabývá se také vztahy mezi členy brigády SOS a tím, jak je zmizení ovlivnilo.
The Disappearance of Nagato Yuki-chan byl chválen pro svůj vývoj postavy a jeho zkoumání témat přátelství a loajality. Série byla také oceňována pro své krásné ilustrace a věrnou adaptaci původních lehkých románů.
Zmizení Nagata Yuki-chan je povinnou četbou pro fanoušky Melancholie Haruhi Suzumiyi a pro každého, kdo má rád dobré záhady.