Vyvrcholení: X-Men spolu se svými spojenci konfrontují Sebastiana Shawa a jeho tým mutantních padouchů v závěrečném zúčtování na palubě jaderné ponorky. Erik Lehnsherr (Magneto) se zpočátku snaží pomstít za zvěrstva spáchaná na mutantech a hrozí, že použije jaderné střely ponorky ke zničení světa.
Zlomový bod: Charles Xavier (profesor X) zasahuje, apeluje na Erikovu lidskost a připomíná mu, že jejich skutečným cílem je chránit mutanty, ne zničit lidstvo. Tento okamžik spojení mezi dvěma přáteli obrací vývoj bitvy.
Vítězství: X-Menům se s pomocí Moiry MacTaggert podaří odzbrojit rakety a porazit Shawa a jeho tým.
Ten hořkosladký konec: Zatímco si zajistili dočasné vítězství, film končí melancholickou notou:
* Erikova zrada: Erik, přestože byl Charlesovými slovy ovlivněn, se stále cítí hluboce zraněn pronásledováním mutantů a odchází, aby zahájil svou vlastní cestu, což naznačuje potenciální budoucí konflikt s Charlesem a X-Meny.
* Karlova vina: Charles je po Erikově odchodu zlomený srdcem a nese tíhu vlastní viny za tragédii kubánské raketové krize, kterou nevědomky pomohl odvrátit, ale za cenu tisíců životů.
* Začíná nová éra: Film končí vytvořením X-Men jako týmu, který se věnuje ochraně lidí i mutantů, ale s pocitem nejistoty ohledně budoucnosti a potenciální hrozby, kterou představuje rostoucí zášť Erika Lehnsherra.
Konec zanechává přetrvávající otázku: Zůstanou Erik a Charles na opačných stranách, nebo najdou způsob, jak překlenout své neshody? Tato otázka připravuje půdu pro budoucnost franšízy X-Men.