Morrisonova smrt nastala v Paříži ve Francii, kde žil se svou partnerkou Pamelou Coursonovou. 2. července 1971 byl Morrison nalezen v bezvědomí ve vaně svého bytu Coursonem. Zavolala pomoc a Morrison byl převezen do nemocnice, kde byl po příjezdu prohlášen za mrtvého.
Přesné okolnosti vedoucí k Morrisonově smrti nebyly nikdy zcela objasněny. Některé zdroje tvrdí, že zemřel na předávkování drogami, jiné naznačují, že mohl trpět infarktem nebo kombinací faktorů. Pitevní zpráva naznačovala, že Morrison před svou smrtí požil velké množství alkoholu a heroinu.
Teorie o Morrisonově smrti kolují dodnes a zůstává jednou z nejtrvalejších záhad v historii rockové hudby. Morrisonův předčasný skon v tak mladém věku přidal na jeho ikonickém postavení a udělal z něj symbol excesů a tragédií, které často doprovázejí svět rokenrolu.