Johann Pachelbel se narodil 1. září 1653 v Norimberku. O jeho dětství a vzdělání toho není mnoho známo, kromě toho, že studoval hudbu u skladatele Heinricha Schwemmera, Kapellmeister na St. Sebaldus School. V roce 1673 se zapsal na univerzitu v Altdorfu ke studiu teologie, ale v následujícím roce přijal své první zaměstnání jako varhaník katedrály sv. Štěpána ve svém rodném městě.
Když Schwemmer v roce 1692 zemřel, Pachelbelova pověst hudebníka byla pevně stanovena a nastoupil na místo svého bývalého vychovatele jako kapellmeister v St. Sebaldus, který byl také pověřen výcvikem sboristů z vedlejší školy. O tři roky později vydal první z osmi svazků duchovních sborových děl Musikalische Sterbens-Gedancken, které měly být jedinou tištěnou hudbou jeho života. V tomto roce se také Pachelbel oženil s Barbarou Gablerovou, dcerou norimberského obchodníka s vínem Christopha Gablera.
V roce 1695, jen několik měsíců poté, co se stal poprvé otcem, byl Pachelbel náhle propuštěn ze St. Sebaldus a opustil Norimberk. O důvodech jeho náhlého propuštění nezůstaly žádné informace, ale pro Pachelbela to byl traumatický zážitek, protože se po zbytek své kariéry nikdy neusadil na stálém místě.
Po několika zastávkách se Pachelbelův život stabilizoval v roce 1699, kdy získal prestižní místo varhaníka a učitele v Predigerkirche (Kostel kazatelů) v Erfurtu, kde měl zůstat dalších jedenáct let. Tam plnil nejen povinnosti svého postu, ale také se aktivně podílel na organizování a provozování světské hudby.
V roce 1703 porodila Pachelbelova manželka Barbara poslední a největší z jejich sedmi dětí, Wilhelm Hieronymus, který šel v hudebních stopách svého otce a stal se významným varhaníkem a skladatelem. Když vévoda ze Saxe-Eisenachu v roce 1707 zemřel, byl Pachelbel požádán, aby pro tuto příležitost složil pamětní kantátu, která byla poprvé provedena 15. srpna 1707.
V roce 1704 Pachelbelova žena náhle zemřela a zanechala mu sedm malých dětí, o které se musel starat. Pachelbelova kariéra dosáhla vrcholu během 18. století, ale v roce 1705 se jeho život změnil nečekaně a nešťastně, když jeho dcera Catharina Barbara porodila nemanželského syna. Catharina Barbara byla nucena opustit domov a stala se služebnou v domácnosti vévody Saxe-Eisenachu. Navzdory tomuto incidentu zůstal Pachelbel s vévodou zadobře a ten mu udělil roční penzi, která doplňovala varhaníkův příjem.
O několik let později přijal Pachelbel nové místo varhaníka v kostele sv. Michaela v Hamburku. Sotva se pustil do svých nových povinností, když v březnu 1706 zemřel na mrtvici, ve věku dvaapadesáti let, několik dní před svým prvním výročím jako varhaník v kostele sv. Michala.
Dnes je Johann Pachelbel známý především svými varhanními díly, zejména chorálovou předehrou k „Vom Himmel hoch da komm ich her“ a Chaconne f moll a Canonem a Gigue D dur pro troje housle a continuo. Byl také významným skladatelem duchovních a světských vokálních děl, včetně více než 200 duchovních koncertů, četných mší a motet.