V průběhu románu se Jim a jeho přátelé, včetně Dr. Liveseyho a panoše Trelawneyové, vydávají na nebezpečnou cestu, aby našli poklad před Silverovou posádkou. Konflikt se vyostřuje, když čelí různým překážkám, včetně bouří, zrádného terénu a konfrontací s piráty. Ke konečnému střetu dojde, když se piráti vzbouří a pokusí se převzít kontrolu nad lodí, což vede k vrcholné bitvě mezi Jimem a jeho spojenci proti Silverovi a jeho mužům.
Konflikt v „Ostrově pokladů“ je ve svém jádru poháněn honbou za bohatstvím a chamtivostí, stejně jako bojem o moc a kontrolu. Motivace a touhy postav je staví do vzájemného rozporu, což vytváří napětí a napětí, jak se příběh vyvíjí. Konflikt navíc zdůrazňuje téma dobra proti zlu, protože Jim a jeho přátelé představují čestnost a loajalitu, zatímco Silver a jeho tým ztělesňují podvod a zradu.