Metody výzkumu používat jak etnografii, tak hudební přepis a analýzu a zahrnovat práci v terénu a rozhovory s informátory. Někteří etnomuzikologové hrají také hudbu, kterou studují, jiní se zaměřují spíše na analýzu a interpretaci.
Práce v terénu umožňuje etnomuzikologům ponořit se do hudby a kultury lidí, které studují, a umožňuje jim získat hluboké pochopení role, kterou hudba hraje v jejich životech.
Protože se kultury a hudební praktiky neustále mění, etnomuzikologové často shromažďují zvukové a obrazové nahrávky, přepisují a analyzují hudební vystoupení, vytvářejí hudební nástroje, skládají a aranžují hudbu a výsledky svých výzkumů dokumentují v knihách, článcích a dalších publikacích.