Petrucci používá kytary Ernie Ball Music Man od počátku 90. let a jeho signature modely patří mezi nejoblíbenější kytary na světě. Mezi jeho typické modely patří John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR a John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci také používal kytary Ibanez v 80. a na začátku 90. let. Jeho nejznámější kytarou Ibanez je Ibanez RG550, kterou použil na prvních dvou albech Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci také příležitostně používal kytary Fender Stratocaster, zejména pro čisté a bluesové tóny.