Zabarvení flétny je určeno řadou faktorů, včetně materiálů použitých k výrobě nástroje, designu nástroje a způsobu, jakým se na něj hraje. Flétny jsou obvykle vyrobeny ze dřeva nebo kovu a různé materiály vytvářejí různé barvy. Dřevěné flétny mají teplejší, jemnější zvuk, zatímco kovové flétny mají jasnější a pronikavější zvuk. Design flétny ovlivňuje také její zabarvení. Například flétny s větším vrtáním mají tmavší, rezonanční zvuk, zatímco flétny s menším vrtáním mají jasnější a soustředěnější zvuk. Způsob, jakým se na flétnu hraje, ovlivňuje i její zabarvení. Hráči mohou například používat různé nátisky (způsob, jakým tvoří své rty) k vytváření různých zvuků. Hráči mohou také používat různé artikulační techniky (způsob, jakým začínají a zastavují tóny) k vytvoření různých efektů.
Zabarvení flétny je důležitou součástí její hudební identity. To dává flétně její jedinečný zvuk a co z ní dělá tak všestranný nástroj. Flétny se používají v široké škále hudebních žánrů, od klasiky přes jazz až po rock.