Nejstarší bonga byla pravděpodobně vyvinuta zotročenými Afričany na Kubě, kteří je používali k tvorbě hudby a sebevyjádření. Postupem času se bonga stala základem kubánských hudebních žánrů, jako je son, rumba a salsa. Byly také přijaty dalšími latinskoamerickými zeměmi a nakonec se rozšířily po celém světě.
Bongo bubny hrály významnou roli ve vývoji různých hudebních stylů, včetně jazzu a latin jazzu. Na počátku 20. století byla bonga uvedena do jazzové hudby slavnými perkusionisty jako Chano Pozo a Tito Puente. Staly se oblíbeným nástrojem v různých jazzových kapelách a přispěly ke spojení jazzových a latinských rytmů.
Ve Spojených státech si bonga získala popularitu během 50. a 60. let jako součást exploze latinské hudby. Byli uvedeni v hudbě umělců jako Tito Puente, Machito a Celia Cruz. Bonga si našli cestu i do rockové a pop music, kde byli zvyklí přidat do písní perkusivní prvek.
Dnes zůstávají bonga základním nástrojem mnoha hudebních žánrů, včetně latinské hudby, jazzu a různých forem populární hudby. Běžně se používají v bicích souborech a jsou také začleněny do hudebních vzdělávacích programů po celém světě.
Historie bongo bubnů je důkazem jejich všestrannosti, expresivity a schopnosti spojovat lidi prostřednictvím hudby. Jsou symbolem kulturní výměny, kreativity a bohatých tradic afrokubánské hudby.