Vědecké vyznamenání:
* Copleyova medaile (1874) :Uděleno Royal Society of London, jedno z nejprestižnějších vědeckých ocenění na světě, za jeho práci o fermentaci a teorii choroboplodných zárodků.
* Rumfordova medaile (1874) :Oceněno Královskou společností v Londýně za výzkum polarizace světla a jejích aplikací.
* Albertova medaile (1881) :Oceněno Royal Society of Arts za jeho příspěvky k veřejnému zdraví a prevenci nemocí.
* Rytíř čestné legie (1853) :Prestižní francouzské vyznamenání udělované jednotlivcům, kteří významně přispěli k národu.
* Velký kříž Čestné legie (1881) :Nejvyšší hodnost Čestné legie, která uznává Pasteurovy výjimečné úspěchy.
* Člen Francouzské akademie věd (1862) :Jedno z nejvyšších vědeckých vyznamenání ve Francii.
* Zahraniční člen Královské společnosti (1869) :Pocta ocenit jeho přínos vědě mimo Spojené království.
Další ocenění:
* Cena Francouzské akademie věd (1856) :Oceněno za práci na fermentaci.
* Cena Pařížské akademie věd (1862) :Oceněno za práci na teorii zárodků nemocí.
Kromě těchto specifických ocenění získal Pasteur během své kariéry také řadu dalších vyznamenání a uznání, čímž upevnil jeho odkaz jednoho z nejvlivnějších vědců 19. století.