Zde je to, co víme o vyhynutí Megalodona:
* Nejpravděpodobnějším důvodem je změna klimatu: Epocha pozdního miocénu a pliocénu zaznamenala výrazné ochlazení a změny v oceánských proudech. To ovlivnilo dostupnost Megalodonovy kořisti, hlavně velryb.
* Konkurence ostatních predátorů: Výskyt dalších velkých predátorů, jako je velký bílý žralok, mohl také vyvinout tlak na Megalodona.
* Nemoc: I když je to méně pravděpodobné, existuje možnost, že k úbytku Megalodonu mohla přispět nemoc nebo parazit.
* Události dopadu: I když to není přímá příčina, někteří vědci se domnívají, že při vyhynutí Megalodona mohly hrát roli velké impaktní události.
Je důležité poznamenat, že přesné důvody vyhynutí Megalodona jsou mezi vědci stále diskutovány. Kombinace výše uvedených faktorů je však obecně přijímána jako nejvěrohodnější vysvětlení.