Konec 1:Legendární duo (Partner:Pikachu)
* Partner: Pikachu
* Výběr konečné bitvy: Přijměte nabídku stát se novým legendárním duem
Tento konec ukazuje, že se vy a Pikachu stáváte novým legendárním duem, jehož úkolem je chránit svět před temnotou. Je to šťastný konec, ale také znamená velkou odpovědnost a pokračující závazek k životu záchranného týmu.
Konec 2:Cesta záchranného týmu pokračuje (Partner:Jakýkoli jiný Pokémon)
* Partner: Jakýkoli jiný Pokémon než Pikachu
* Výběr konečné bitvy: Odmítněte nabídku stát se novým legendárním duem
Tento konec se zaměřuje na pokračující dobrodružství vašeho záchranného týmu a zdůrazňuje silné pouto týmu a jejich pokračující odhodlání pomáhat ostatním. Ukazuje, že vy a váš partner nadále pomáháte Pokémonům v nouzi a společně prozkoumáváte svět.
Důležitá poznámka:
* Je důležité si uvědomit, že možnost stát se legendárním duem je k dispozici pouze při hraní s Pikachu jako vaším partnerem.
* Zatímco každý partner má jedinečný dialog a osobnost, celkový příběh a možnosti ve hře zůstávají stejné bez ohledu na vámi zvoleného partnera.
Bez ohledu na to, jaký konec dostanete, oba tyto konce předvádějí naplňující a smysluplnou cestu záchranného týmu Pokémon Mystery Dungeon Rescue a zdůrazňují témata přátelství, týmové práce a sebeobětování.