Technické problémy:
* Špatně optimalizované: Hra byla prošpikována poklesy snímkové frekvence, závadami a zpomaleními, zejména na PlayStation 3. To způsobilo, že i základní hratelnost byla neohrabaná a frustrující.
* Design úrovně: Mnoho úrovní bylo opakujících se, neinspirovaných a matoucích. Úhly kamery často bránily hraní a ztěžovaly navigaci.
* Chyby: Sonic 06 byl sužován mnoha chybami, od nepřátel procházejících zdmi až po modely postav ořezávajících prostředí. To způsobilo neuvěřitelně nestabilní a zlomený zážitek.
Problémy s hraním:
* Nereagující ovládací prvky: Sonic, Shadow a Silver se všichni špatně ovládali, s nekonzistentní fyzikou a kluzkým pohybem.
* Design úrovně: Úrovně často postrádaly rozmanitost, opakující se prostředí a neinspirované triky. To vedlo k monotónnímu a nezáživnému zážitku.
* Obtížné souboje s bossy: Mnoho bitev s bossy bylo frustrovaně nespravedlivých, s nejasnými vzory útoků a lacinou taktikou.
Problémy s příběhem:
* Matoucí a spletité: Příběh byl zamotaný chaos, s matoucími zápletkami, nekonzistentními motivacemi postav a nesmyslným koncem.
* Slabý vývoj postavy: Postavy, zejména Shadow a Silver, byly špatně napsané a postrádaly hloubku. Jejich interakce působily nuceně a postrádaly emocionální váhu.
* Nucená romantika: Představení Elise, lidské princezny, bylo otřesným přírůstkem do Sonic vesmíru a připadalo mu vynucené a zbytečné.
Další faktory:
* Uspěchaný vývoj: Hra byla uspěchaná, aby stihla prázdninový termín, což vedlo k vysoce nedokončenému produktu.
* Špatný marketing: Sonic 06 byl před svým vydáním silně prodáván, což nakonec vedlo ke zklamání mezi fanoušky kvůli špatné kvalitě hry.
Celkově Sonic 06 nesplnil svůj příslib nového a inovativního zážitku Sonic. Její technické problémy, herní nedostatky a spletitý příběh vytvořily frustrující a neuspokojivou hru, která je obecně považována za slabinu této franšízy.
Je důležité si uvědomit, že někteří fanoušci mohou mít na hru jiný názor a možná najdou potěšení v jejích nedostatcích. Jeho celkový příjem a kritické recenze jsou však převážně negativní.