Existují dvě hlavní komory:
* Stínová komnata: Zde se poprvé postavíte Shadow Pokémonovi. Musíte s nimi bojovat, abyste je očistili.
* Komnata temnoty: Toto je poslední komnata, kde se utkáte s posledním bossem, vůdcem Shadow Pokémonů. Je přístupný po dokončení určitých úkolů a vyčištění několika Shadow Pokémonů.
Přesné umístění v rámci zařízení Shadow Pokémon není ve hře specifikováno, ale obvykle se nachází hlouběji v zařízení poté, co projdete příběhem.