Zde je důvod:
* Různé generace: Pokémon Crystal je hra generace II (vydaná v roce 2000), zatímco Pokémon Ruby je hra generace III (vydaná v roce 2002).
* Nekompatibilní obchodní systémy: Obchodní systémy mezi oběma generacemi se zásadně liší. Pro ukládání a přenos Pokémonů používají různé komunikační protokoly a datové struktury.
Přímé obchodování mezi Pokémon Crystal a Pokémon Ruby proto není možné.