Děj filmu se zaměřuje na objev Archy, skryté vesmírné lodi obsahující mocnou zbraň, a následnou bitvu proti Deceptikonům. Lidské postavy se většinou soustředí na Sama Witwickyho (Shia LaBeouf) a jeho novou přítelkyni Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Zatímco oficiální důvod nepřítomnosti Megan Fox nebyl veřejně uveden, všeobecně se má za to, že její odchod byl způsoben tvůrčími rozdíly s režisérem Michaelem Bayem. Během produkce Transformers:Revenge of the Fallen (2009) bylo mezi Foxem a Bayem údajně napětí.
I přes její nepřítomnost se osud Mikaely ve filmu výslovně neřeší. To znamená, že ona a Sam se rozešli.