Některé Pokémony je však těžší najít nebo vyžadují specifické podmínky, aby se s nimi setkali, takže jejich získání je obtížnější. Zde je několik příkladů:
* Legendární Pokémon: Rayquaza je hlavním těžištěm příběhu a je jediným legendárním Pokémonem dostupným ve hře. I když to není technicky "vzácné", pokud jde o získání, je to určitě problém chytit.
* Stínový Pokémon: Jedná se o speciální verze stávajících Pokémonů s jedinečnými schopnostmi a vzhledem. Někteří stínoví Pokémoni, jako je Shadow Lugia nebo Shadow Mewtwo, jsou k dispozici pouze prostřednictvím konkrétních událostí nebo obchodováním.
* Pokémon vyžadující specifické podmínky: Někteří Pokémoni, jako jsou Eeveelutions, se mohou objevit pouze za určitých okolností, například v konkrétní denní dobu nebo na konkrétních místech.
Nakonec „vzácnost“ Pokémona v XD:Gale of Darkness závisí na vaší definici a na tom, co považujete za náročné získat.