1. Seberte sedm smaragdů chaosu: Ty jsou rozesety po úrovních hry a všechny je potřebujete, abyste se dostali do závěrečné bitvy.
2. Postavte se tváři Dark Gaia na konci hry: Po nasbírání všech sedmi smaragdů Chaosu se utkáte s Dark Gaiou v její skutečné podobě, masivním, mnohohlavým zvířetem.
3. Použijte sílu smaragdů chaosu: K očištění Dark Gaia použijete spojenou sílu Smaragdů. To zahrnuje použití formy „Super Sonic“, která se odemyká sebráním všech sedmi smaragdů Chaosu.
4. Proveďte čištění: Ve formě Super Sonic spustíte silný útok na Dark Gaia. Tento útok nezabije Dark Gaia, ale místo toho ji očistí, obnoví rovnováhu světa a vrátí ho do jeho původní podoby.
Příběh hry se zaměřuje na myšlenku restaurování spíše než přímé zabíjení. Dark Gaia, i když je destruktivní, je nakonec součástí světové rovnováhy a cílem je vrátit ji na její právoplatné místo.