* Individuální silné a slabé stránky: Různí Pokémoni mají různé statistiky, pohyby a schopnosti, díky čemuž jsou v různých scénářích lepší.
* Školení a úrovně: Dobře vycvičený Pokémon na vysoké úrovni bude vždy silnější než ten na nízké úrovni, bez ohledu na jeho druh.
* Strategie a dovednosti hráče: Jak hráč používá své Pokémony v bitvě, může výrazně ovlivnit jejich efektivitu.
Někteří Pokémoni jsou však v Pokémon Crystal často považováni za velmi silné díky svým silným statistikám a fondu pohybů:
* Mewtwo: Pravděpodobně nejmocnější Pokémon v celé sérii, Mewtwo je typu Psychic s neuvěřitelnými statistikami a přístupem k mocným pohybům jako Psychic a Psybeam.
* Tyranitar: Pseudo-legendární Pokémon s obrovským útokem a obranou, Tyranitar je síla, se kterou je třeba v bitvách počítat.
* Gyarados: Díky svému charakteristickému pohybu Dragon Dance se Gyarados může stát neuvěřitelně mocným a zametat celé týmy.
* Dragonit: Další pseudo-legendární Pokémon, Dragonite, je výkonný létající/dračí typ s velkým pohybovým fondem.
* Alakazam: Psychický typ s neuvěřitelným speciálním útokem, Alakazam může být neuvěřitelně silný, když je používán efektivně.
* Snorlax: I když je Snorlax pomalý, má neuvěřitelné množství HP a obrany, takže je těžké ho sundat.
„Nejmocnější“ Pokémon v Crystal nakonec závisí na individuálních preferencích, stylu hry a konkrétních výzvách, kterým čelíte.