Zatímco Master Ball je základem většiny her Pokémon, v Pokémon Colosseum a jeho pokračování Pokemon XD:Gale of Darkness chybí. Toto rozhodnutí bylo pravděpodobně učiněno proto, aby zdůraznilo zaměření hry na zajetí Pokémonů pomocí systému „Snap“, který zahrnuje oslabení odhodlání Pokémonů spíše než jejich pouhé vyřazení.
Absence Master Ballu v Colosseu a XD přispívá k jedinečné výzvě hry a povzbuzuje hráče, aby zvládli umění dobývání Pokémonů bez pomoci tohoto mocného předmětu.