Ve hře si vyberete svého počátečního Pokémona ze tří možností:
* Chimchar (Oheň)
* Turtwig (tráva)
* Piplup (voda)
Hra vám neumožňuje vybrat si jako výchozího partnera jiné Pokémony, včetně Totodile.
Existují však způsoby, jak se ve hře setkat a komunikovat s Totodilem:
* Nábor: S Totodilem se můžete setkat během svých dobrodružství a potenciálně ho naverbovat do svého týmu, stejně jako kteréhokoli jiného Pokémona.
* Obchodování: Pokémony můžete obchodovat s ostatními hráči online nebo prostřednictvím místního bezdrátového připojení, což vám může umožnit získat Totodile.
* Speciální události: Mohou existovat časově omezené události nebo stahovatelný obsah, který představuje nové Pokémony, včetně Totodile.
Chcete-li hrát za Totodile, musíte se podívat na jiné hry Pokémon Mystery Dungeon nebo obsah vytvořený fanoušky.