1. Dialga uvolní Time Gears, které absorboval, a obnoví tok času do normálu.
2. Hráč a jeho partner se vrátí do Treasure Town.
3. Objeví se Dialga a vysvětlí hráči a jejich parťákovi, že jeho akce byly nutné k zabránění větší katastrofě. Odhaluje, že síla známá jako „Temná hmota“ manipuluje s časem a způsobuje ve světě různá zkreslení a závady.
4. Dialga pověří hráče a jejich partnera úkolem zastavit temnou hmotu.
5. Po tomto rozhovoru bude příběh pokračovat tím, že hráč a jeho partner budou prozkoumávat kobky, bojovat s Pokémony a nabírat nové členy týmu, aby odhalili pravdu o temné hmotě a zastavili její hanebné plány.