Mewtwo lze nalézt pouze v hlubinách blankytné jeskyně. Mewtwo je neuvěřitelně těžké porazit, pokud nejste dobře připraveni. Nejprve se před vstupem do jeskyně ujistěte, že jste chytili alespoň 40 Pokémonů. Budete potřebovat několik silných Pokémonů na vysoké úrovni, abyste porazili různé Pokémony uvnitř jeskyně. Také se ujistěte, že máte dostatek lektvarů Hyper a Max.
Chcete-li se dostat do Cerulean Cave, nejprve navštivte Pokémon Center na Route 24 přímo nad Fuchsia City. Jakmile vejdete, promluvte si se ženou sedící u stolu po vaší pravici a ona se vás zeptá, zda si chcete prohlédnout prezentaci o jeskyních. Odpovězte „ano“ a ona vám ukáže několik snímků. Po promítání diapozitivů vám dá mapu města znázorňující umístění blankytné jeskyně. Vezměte tuto mapu a ukažte ji policistovi nalevo od středu. Poté, co mu ukážete vaši mapu, vás důstojník nechá projít. Vydejte se na Route 25, což je brána nad Route 24.
Surfujte po vodě a dostanete se na malý ostrůvek s dalším důstojníkem sedícím nalevo. Nenechá vás projít, dokud nezískáte osm odznaků z tělocvičny. Po získání 8. odznaku tělocvičny se vraťte na Route 25. Důstojník se přesune a vy nyní můžete pokračovat do Cerulean Cave.
Před vstupem do blankytné jeskyně připravte svůj tým. Ujistěte se, že máte Pokémona, který zná Surf, a Pokémona, který se může naučit Flash (například Magnezone). Až budete připraveni, vstupte do Cerulean Cave a použijte Flash. Začněte běžet vpřed po cestě a vyhýbejte se divokým Pokémonům, kteří se pravidelně objevují. Pokračujte, dokud nedojdete k rybníku; použijte Surf k překonání rybníka a přistání podél břehu na druhé straně.
Pokračujte touto cestou, dokud nenarazíte na rozcestí. Jděte doleva a jděte dále, dokud nenarazíte na další rozcestí se dvěma cestami. Jděte správnou cestou a pokračujte, dokud nedojdete k dalšímu rybníku. Surfujte po rybníku a přistaňte na břehu na druhé straně. Jakmile přistanete, podívejte se dolů a uvidíte Mewtwo v jámě pod vašima nohama. Pokud chcete chytit Mewtwo, nezapomeňte snížit jeho HP, aniž byste ho porazili. Když je jeho zdraví dostatečně nízké, hoďte ultra nebo lepší míč, abyste ho chytili.
Pokud porazíte Mewtwo, bude navždy pryč. Mewtwo se v blankytné jeskyni znovu neobjeví, ani jej jinde nenajdete.