Konflikt příběhu spíše než zkoumání interakce mezi lidstvem a přírodou zdůrazňuje emoce, pomstu a souhru mezi společenskými předsudky a vnitřním bojem. Navíc, protože většina událostí se odehrává v rámci Palais Garnier, přírodní prvky nejsou v tomto příběhu nijak zvlášť zdůrazněny. Proto neexistuje žádný konflikt mezi lidstvem a přírodou, který by poháněl vyprávění ve „Fantomovi opery“.