V románu je Fantom zdeformovaný muž, který nosí masku, aby skryl svou tvář. Žije v katakombách pod budovou opery a využívá svého hudebního génia k ovládání operních pěvců a kulisáků. Fantom se zamiluje do mladé sopranistky jménem Christine Daaé a stane se jí posedlý. Unese ji a odnese do svého doupěte v katakombách. Christine nakonec uteče před Fantomem, který zmizí v noci.
Osud Fantoma je v románu nejednoznačný. V původní francouzské verzi románu se říká, že se Fantom oběsil v katakombách. V anglickém překladu se však říká, že Fantom zmizel ve stokách Paříže.