* The Short-Timers (1990) :Hraje postavu jménem "Kapitán" v této černé komedii o skupině vojáků umístěných na Filipínách.
* Drákula Brama Stokera (1992) :Hraje roli Renfielda, psychicky narušeného pacienta hraběte Drákuly. To pro něj byla významnější role.
* Balada o malé Jo (1993) :V tomto západním dramatu ztvárňuje tajemnou postavu jménem "Kazatel".
* Mystery Men (1999) :Má vedlejší roli jako "The Sweeper" v této superhrdinské komedii.
* Velká ryba (2003) :Hraje "The Witch" ve fantasy filmu Tima Burtona.
Za zmínku stojí, že Tom Waits je známý především svou hudební kariérou a objevil se pouze v několika filmech. Má tendenci vybírat si role temné, výstřední nebo jinak nekonvenční.