* Verze hry: Různé hry mají různé bossy a křivky obtížnosti.
* Úroveň hráčských dovedností: Zkušený hráč najde některé bosse snadněji než ostatní, bez ohledu na obecnou obtížnost.
* Složení týmu: Silné a slabé stránky vašeho týmu Pokémon drasticky ovlivní to, jak si vedete proti určitým bossům.
Někteří šéfové jsou však neustále zmiňováni jako obzvláště náročné výzvy:
Z hlavní série (Červená, Modrá, Záchranný tým atd.):
* Darkrai (Super Mystery Dungeon): Darkrai, známý pro své silné útoky temného typu a schopnost manipulovat s bojištěm, představuje impozantní výzvu.
* Groudon/Kyogre (průzkumníci času/temnoty/nebe): Tito legendární Pokémoni jsou ve svých příslušných typech mocní a pro nepřipravené týmy mohou být ohromující.
* Mewtwo (Brány do nekonečna): Mewtwo je silný Pokémon psychického typu, známý svou vysokou útočnou silou a schopností naučit se širokou škálu pohybů.
* Rayquaza (Super Mystery Dungeon): Rayquaza, výkonný drak/létající typ s vysokými statistikami a přístupem ke škodlivým pohybům, je těžkým soupeřem i pro zkušené hráče.
* Giratina (Super Mystery Dungeon): Tento legendární Pokémon je známý svými vysokými statistikami a přístupem ke škodlivým pohybům, což z něj činí výzvu pro mnoho hráčů.
Ze vedlejších her (Mystery Dungeon:Rescue Team DX atd.):
* The Great King (Rescue Team DX): Tento boss je obří, vícehlavá bestie se silnými útoky a obrovským bazénem zdraví, což z něj dělá skutečný test odolnosti.
* The Darkness (Rescue Team DX): Tato tajemná, temná bytost je impozantním protivníkem, který zpochybňuje hráčovo pochopení herních mechanismů a vyžaduje dobře připravený tým.
Nakonec, nejobtížnější boss pro vás bude záviset na vašich individuálních zkušenostech a herním stylu. Výše zmínění bossové jsou však obecně považováni za jedny z nejtěžších v sérii a nabízejí skutečnou výzvu i pro zkušené hráče Pokémon Mystery Dungeon.