1. Vládní spiknutí :Bourne byl původně vysoce vyškolený zabiják CIA známý jako "David Webb." Po chybné operaci však utrpěl ztrátu paměti a stal se civilistou bez paměti na svou minulost. CIA a další vládní agentury se ho snaží odstranit, aby zakryly tajemství programu Treadstone, tajného projektu černých operací, který vytvořil Bournea a další vrahy, jako je on.
2. Blackbriar :Blackbriar je nástupnická organizace Treadstone, kterou vytvořili bývalí představitelé CIA. Chtějí ovládnout Bournea a využít jeho schopnosti pro své vlastní tajné operace. Bourne se však stává hrozbou pro jejich plány kvůli své nezávislé povaze a riziku odhalení jejich aktivit.
3. Kirill a ruská vláda :V některých případech se Bourneovo jednání dostává do konfliktu se zájmy ruské vlády, konkrétně postavy Kirilla. Kirill je vysoce postavený ruský zpravodajský důstojník, který se chce Bourneovi pomstít za minulé činy, které zahrnovaly smrt blízkých. Bournea považuje za osobního nepřítele a snaží se ho odstranit.
4. Osobní nepřátelství :Zatímco Bourne odhaluje pravdu o své minulosti a spiknutích kolem něj, setkává se s jednotlivci, kteří si proti němu vyvinou osobní pomstu. Tito jedinci mohou být bývalí kolegové nebo nepřátelé, kteří se cítí zrazeni nebo ukřivděni Bourneovými činy, což je motivuje k pomstě.
Je důležité poznamenat, že důvody, proč chcete zabít Bournea, se liší v závislosti na konkrétních dějových liniích knih nebo filmů Bourneovy série a ne všechny tyto důvody mohou být přítomny v každém příběhu.