Matilda také čelí problému, jak se vypořádat s tyranskou ředitelkou své školy, slečnou Trunchbullovou, jejíž drsné a represivní metody vytvářejí pro studenty nepřátelské prostředí. Matilda se rozhodne postavit se proti ní pomocí svých mimořádných mentálních schopností, včetně telekineze, aby odhalila krutost a neschopnost slečny Trunchbullové a přinesla pozitivní změny ve škole.
Dalším problémem, kterému čelí, je dosáhnout spravedlnosti pro slečnu Honey, dobrosrdečnou učitelku, se kterou slečna Trunchbullová zacházela špatně. Matildino úsilí pomoci slečně Honeyové nakonec vedlo k odstranění slečny Trunchbullové a šťastnějšímu prostředí pro studenty ve škole.