Vědomá mysl je úzce spojena s prefrontální kůrou, oblastí mozku, která se podílí na kognitivních funkcích vyššího řádu, jako je pozornost, plánování, rozhodování a sebekontrola. Prefrontální kůra je také zodpovědná za naši schopnost uvažovat, myslet abstraktně a činit úsudky.
Vědomá mysl neustále interaguje s podvědomou myslí, což je část mysli, která funguje mimo naše vědomé vědomí. Podvědomí je zodpovědné za automatické procesy, jako je dýchání, trávení a regulace srdeční frekvence, a také za ukládání našich vzpomínek, návyků a naučeného chování.
Vědomá mysl a podvědomí spolupracují na formování našich myšlenek, pocitů a činů. Vědomá mysl je zodpovědná za naše záměrné a vědomé činy, zatímco podvědomá mysl ovlivňuje naše chování a reakce způsoby, kterých si ne vždy uvědomujeme.