Během války byli Yahiko, Nagato a Konan svědky hrůz války a rozhodli se, že jednoho dne vytvoří svět bez války a bolesti. Vytvořili Akatsuki, organizaci oddanou dosažení míru všemi nezbytnými prostředky.
Zpočátku byla Akatsuki malá organizace, která se zaměřovala na pomoc malým vesnicím a zemím, které byly postiženy válkou. Jak však organizace rostla na síle a vlivu, začala přitahovat pozornost větších vesnic shinobi. Vesnice začaly vnímat Akatsuki jako hrozbu a začaly proti organizaci zasahovat.
V důsledku tlaku z vesnic se Akatsuki začali měnit. Stalo se více militarizované a začalo se zaměřovat na získání moci spíše než na dosažení míru. Organizace začala rekrutovat zločince s hodností S a ve svých metodách byla čím dál nemilosrdnější.
Nakonec Akatsuki porazil Naruto Uzumaki a jeho přátelé a jeho členové byli rozptýleni po celém světě. Odkaz Akatsuki však nadále žije a zůstává symbolem nebezpečí extremismu.