Zažil však několik zážitků blízké smrti a byl zabit v alternativních časových liniích a dějových liniích :
* The Clone Saga (1994-1996): Tento nechvalně známý příběh viděl Spider-Mana zdánlivě zemřít a být nahrazen klonem, i když se nakonec ukázalo, že jde o podvod.
* „Ještě jeden den“ (2007): V tomto příběhu Spider-Man uzavře dohodu s Mefistem, aby zachránil život tetě May, ale za cenu vymazání jeho manželství s Mary Jane Watsonovou.
* Smrt Spider-Mana (2004): Jednalo se o samostatnou kontinuitu mimo hlavní Marvel Universe, kde byl Spider-Man zabit Green Goblin.
* "Spider-Man:Reign" (2007): Tato budoucí časová osa viděla zemřít staršího, unaveného Spider-Mana po poslední bitvě se Zeleným skřetem.
Je důležité si uvědomit, že se jedná o specifické případy a nevztahují se na hlavní Marvel Universe. Zatímco Spider-Man čelil mnoha výzvám a tragédiím, nadále zůstává ikonickým hrdinou v Marvel Universe.