Zde je několik klíčových s sebou:
* Plemene nevědomosti předsudků: Brunova nevinnost a nedostatek porozumění o holocaustu mu umožňují zpočátku vidět židovské vězně jako prostě odlišné, ne ze své podstaty zlé. Jeho naivita mu však také brání v rozpoznání skutečné hrůzy a nespravedlnosti, které čelí.
* empatie a spojení přesahují hranice: Navzdory ostnatému drátu a strašlivým podmínkám si Bruno rozvíjí skutečné přátelství s Shmuelem, chlapcem na druhé straně. Toto spojení zpochybňuje umělé bariéry předsudků a demonstruje sílu lidského spojení.
* lidské náklady na nenávist: Román živě zobrazuje dehumanizující účinky nenávisti a předsudků a ukazuje, jak systematické pronásledování Židů vedlo k utrpení a ztrátě života ve velkém měřítku. Brunoův tragický osud slouží jako silná připomínka důsledků lhostejnosti a důležitosti postavení proti nespravedlnosti.
* Síla dotazovací autority: Brunova zvědavost a výslech dospělých kolem něj jsou zásadní pro jeho omezené pochopení situace. Román naznačuje, že dotazování na autoritu a náročné přijímané přesvědčení mohou vést k většímu povědomí a porozumění.
Nakonec „Chlapec v pruhovaném pyžamu“ slouží jako silný varovný příběh o destruktivní povaze předsudků a důležitosti zpochybnění současného stavu. Zdůrazňuje potřebu empatie, porozumění a aktivního odporu proti nespravedlnosti.