V Pokémon Crystal cestujete mezi městy a městy pomocí různých metod:
* Chůze: Nejběžnější metoda, zejména na začátku hry.
* Na kole: K dispozici, jakmile získáte jízdní kolo z cyklistické silnice v Goldenrod City.
* Loď: Používá se k cestování mezi určitými městy, například z New Bark Town do Violet City.
* Vlak: Používá se k cestování do určitých měst, například z Goldenrod City do Ecruteak City. Zakoupíte si jízdenky na vlak, abyste mohli jezdit, ale neexistuje vyhrazený „rail pass“.
Hra nemá železniční průjezdní systém jako některé pozdější hry Pokémon, jako je Pokemon Diamond, Pearl a Platinum.