Butik navrhl přítel a umělecký spolupracovník Beatles Simon Posthuma, který také navrhl obaly jejich alb a další propagační materiály. Mělo to být maloobchodní prodejna pro zboží související s Beatles a dalšími umělci spojenými s Apple Records, včetně oblečení, doplňků a domácích potřeb.
Obchod byl známý svou barevnou a psychedelickou výzdobou, která odrážela estetiku konce 60. let. To také představovalo položky navržené samotnými Beatles, jako jsou trička, šály a šperky.
Apple Boutique však od začátku čelil výzvám, včetně nedostatku manažerských zkušeností, špatného finančního řízení a konkurence z jiných obchodů. Beatles také narazili na potíže s pronájmem nemovitosti a neshody mezi sebou a jejich poradci ohledně směřování obchodu.
V důsledku toho byl Apple Boutique uzavřen v srpnu 1968 po jediném roce provozu. Beatles utrpěli z tohoto podniku značné finanční ztráty a uzavření obchodu znamenalo konec jejich přímého zapojení do maloobchodu.