Konstituce Clarendonu: Henry II vydal soubor zákonů známých jako Ústavy Clarendonu v roce 1164. Tyto zákony se snažily omezit moc a výsady církve v Anglii, zejména s ohledem na jmenování biskupů a jurisdikci nad duchovenstvem obviněným ze zločinů. Becket jako arcibiskup z Canterbury oponoval ústavám jako porušení autonomie církve.
Církevní imunita: Jindřich II. chtěl prosadit svou kontrolu nad duchovenstvem a přivést je pod jurisdikci královských soudů. Becket se naopak domníval, že duchovenstvo by mělo podléhat pouze církevním soudům, a hájil tak právo církve řídit své vlastní záležitosti.
Jmenování biskupů: Jindřich II. chtěl mít slovo při jmenování biskupů a zajistit, aby mu byli loajální a podporovali jeho politiku. Becket trval na tom, že výběr biskupů by měl být založen pouze na náboženských zásluhách, bez královského zasahování.
Konflikt o jurisdikci: Konflikt eskaloval, když byl úředník jménem Philip de Brois obviněn ze zločinu a byl nárokován jak královskými, tak církevními soudy. Becket odmítl vydat úředníka královským dvorům s tím, že to porušuje jurisdikci církve.
Neshoda mezi Jindřichem II. a Becketem symbolizovala širší boj mezi monarchií a církví o kontrolu a autoritu. Konflikt vyvrcholil atentátem na Thomase Becketa v Canterburské katedrále v roce 1170 rytíři věrnými Jindřichu II. Vražda Becketa vedla k výraznému odporu a nakonec vyústila v to, že Jindřich II. učinil ústupky a znovu potvrdil privilegia a nezávislost církve.